高位消防水箱在实际使用过程中，为了保障水质符合使用要求，需要定期对箱内的水进行杀菌消毒，并且需要严格按消毒步骤操作。
高位消防水箱消毒前的准备工作很重要，像工作服、口罩、护目镜、安全照明灯具等防护用品要保证齐全，要检查高压水枪水泵、鼓风机等设备的完好情况，要杀菌药物是否在有效期内。
然后，检查作业电源。水箱内作业，照明电源的电压不超过36V，最好用应急灯或手电筒;三相水泵要装有漏电开头。检查箱内是否缺氧，也是必须的。有些水箱长期封闭，空气流通几乎停滞，贸然进入会使人缺氧窒息，因此可在高位消防水箱口处连接鼓风机吹风，通风时间以3小时为宜。通风后把一支燃烧的蜡烛放入箱内，若蜡烛未熄灭说明水池内不缺氧。否则，须继续通风直到符合要求为止。
特别需要注意的是，在清洗消防水箱的过程中，作业人员必须遵照操作要求，带护目镜、口罩;若有头晕、眼睛酸痛、心闷、气紧等不适感觉，要立即离开水池，用清水冲洗眼睛，呼吸新鲜空气即可恢复。清理箱内杂物时，先用铁铲铲出池内泥砂及各种沉积物，再依照消防水箱顶部——四周箱壁—底部的顺序用扫把或尼龙刷反复刷洗，刷洗完毕用高压水枪整体冲洗一遍，排出污水。
消毒的最后一个环节是用1100的灭菌净(一般为漂白精粉)水溶液进行消毒，用尼龙刷把消毒液涂抹在箱内板壁上，盖好，封闭半小时后排出消毒水。然后在水箱内注入适量清水反复冲洗几次。
在清洗完毕后，打开阀门向水箱内注水，达到标定的水位高度，并加盖加锁。
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